Кирилл Гундяев родился 20 ноября 1946 года Ленинграде в семье потомственного священника Михаила Гундяева и школьной преподавательницы немецкого языка Раисы Гундяевой. Дед будущего митрополита, Василий Гундяев, будучи иереем, в годы советской власти (1920 – 1940 годах) за церковную деятельность был сослан на Соловки. Его старший брат Николай к настоящему моменту носит сан протоиерея, преподает в Санкт-Петербургской духовной академии, а также являетсянастоятелем Спасо-Преображенского собора.

Закончив 8-й класс, Кирилл Гундяев поступил на работу в Ленинградскую комплексную геологическую экспедицию Северо-Западного геологического управления, где проработал до 1965 года в качестве техника-картографа. В 1965 году он окончил среднюю школу и поступил на обучение в Ленинрадскую духовную семинарию, где проучился до 1967 года и перешел в Лениградскую духовную академию. После двух лет обучения, в апреле 1969 года, он был пострижен в монашество. В том же месяце был рукоположен в иеродиаконы, а 1 июня – в иеромонахи. С марта по апрель 1968 года Кирилл отправился в Прагу как участник третьего Всехристианского Мирного конгресса, а спустя еще месяц – в Упсалу, на IV Ассамблею Всемирного совета церквей. Во время обучения Кирилл являлся постоянным участником ежегодных заседаний Центрального комитета ВСЦ в качестве молодого советника.

В 1970 году иеромонах Кирилл окончил академию с отличием, и ему была присуждена степень кандидата наук по богословию. Успешный выпускник был оставлен при академии профессорским стипендиатом, а потом и преподавателем. Вскоре молодого профессора богословия заметил митрополит Лениградский Никодим, сделав его своим личным секретарем. Эту должность иеромонах продолжал совмещать с частыми поездками за рубеж. Так, в 1970-1971 годах он в качестве представителя Всемирной православной молодежной организации «Синдесмос» успел побывать на конференциях в США и Западной Европе.

Кроме того, в сентябре 1971 года Кирилл возведен в сан архимандрита и назначен представителем Московского патриархата при Всемирном совете церквей в Женеве. Уже в 1972 году он сопровождал патриарха Пимена в поездке по странам Ближнего Востока, а также в Болгарию, Югославию, Грецию и Румынию. В 1974 году он стал ректором Лениградской духовной академии и семинарии, в которых раньше учился, а потом преподавал. На следующий год глава академии и семинарии был назначен председателем епархиального совета Лениградской митрополии. Спустя несколько месяцев после этого назначения отец Кирилл стал членом центрального исполкома Всемирного совета церквей, а в 1976 году получил сан епископа Выборгского и викария Лениградской епархии. Тогда же епископ Кирилл был утвержден постоянным представителем от РПЦ в пленарной комиссии Всемирного совета церквей, а после этого назначен заместителем экзарха Западной Европы (был освобожден от этой должности в 1978 году, тогда же возведен в сан архиепископа, заняв пост заместителя главы ОВЦС). После этих назначений архиепископ Кирилл, ставший управляющим патриаршими приходами в Финляндии, провел 4 года в зарубежных поездках в качестве руководителя делегаций от РПЦ. До 1980 года он успел побывать на IX Генеральной ассамблее «Синдесмоса» в Швейцарии, совместно с патриархом Пименом совершал официальный визит в Турцию. В 1981 году архиепископ Кирилл представлял христиан СССР на слушаниях по ядерному разоружению в Канаде.

С 1983 года он начал преподавать в аспирантуре при Московской духовной академии. В 1984 году Кирилл был назначен архиепископом Смоленским и Вяземским, а спустя еще два года стал управляющим приходами Калининградской области. С 1989 года Кирилл стал архиепископом Смоленским и Калининградским. В том же году он возглавил ОВЦС и стал постоянным членом Синода. В качестве председателя ОВЦС архиепископ Смоленский и Калининградский участвовал в разработке законов «О свободе вероисповеданий» (1990 год), «О свободе совести и о религиозных объединениях» (1997 год).

В 1991 году указом патриарха Московского и всея Руси Алексия II архиепископ был возведен в сан митрополита. После этого, в 1993 году, митрополит Кирилл стал инициатором создания Всемирного русского народного собора. В том же году ему была вручена международная Ловийская премия мира (этой премией раз в три года награждается общественный или церковный деятель, внесший особо значимый вклад в дело укрепления мира). Основными достижениями Кирилла в сане митрополита считаются воссоединение РПЦ с Русской православной церковью зарубежья (условия этого воссоединения вырабатывались в ОВЦС) и бурный рост количества приходов РПЦ в дальнем зарубежье (включая КНДР, Вьетнам, Индонезию, Филиппины, Иран, Ирак, ОАЭ, ЮАР, Исландию). Также митрополиту Кириллу удалось наладить отношения с Ватиканом после смерти Папы Иоанна Павла II. С 2000 года – ведущий еженедельной телевизионной программы «Слово пастыря» на канале «ОРТ».